In 1642 ging De Gomme met Prins Rupert mee naar Engeland om te dienen in het leger van koning Charles I. In Engeland was dat jaar een burgeroorlog uitgebroken tussen de Royalisten en de Parlementariërs onder leiding van Oliver Cromwell. Prins Rupert werd naast Charles I de belangrijkste legerleider. De Gomme werd benoemd tot kwartiermeester-generaal. Charles was in 1642 met zijn hele hof Londen ontvlucht naar Oxford. Het hoofdkwartier werd gevestigd in Magdalen College. De Gomme ontwierp de fortificaties van Oxford en van Magdalen College in het bijzonder. Op The Grove werden munitiewerkplaatsen en een kanonnengieterij geïnstalleerd. Mij zou het niet verbazen, als De Gomme ook hier verantwoordelijk voor was. Zijn kaarten zijn bewaard gebleven in de Bodleian Library.
Afb. 1: Magdalen College met The Grove. In het midden Dover’s Pier (ook wel Spear), een vooruitgeschoven bastion. Afb. 2: Kaart van Oxford met fortificaties. De Gomme, 1642. Bodleian Library, Oxford.
In 1644 ontwierp De Gomme een plan voor fortificaties rond Liverpool. De tekeningen daarvan worden bewaard in het British Museum. In 1646 keerde hij terug naar de Republiek: met een vrijgeleide had hij samen met Prins Rupert de door de Parlementariërs veroverde stad Oxford mogen verlaten. De Gomme werd civiel ingenieur en ontwierp enkele polders in Vlaanderen, wellicht bij Lillo. In 1647 werd hij door de Raad van State benoemd tot controleur van de fortificaties. En in 1649 werd hij in Breda door de toekomstige koning Charles II benoemd tot kwartier-meester van de Engelse en Waalse troepen: Charles II leefde in die jaren in ballingschap, onder andere in Breda. In 1653 was hij dijkgraaf bij Lillo. Hij liet in de buurt in 1654 een huis bouwen. In 1657 bezat hij stukken land bij Lillo. In 1660 keerde hij terug naar Engeland.
